Proces oczyszczania ścieków jest wieloetapowy. Składa się kilku bardzo istotnych elementów, z których każdy ma ogromne znaczenie dla czystości produktu końcowego. Większość oczyszczalni odprowadza bowiem część płynną ścieków do pobliskich rzek albo do wód gruntowych, przez co jej perfekcyjne przygotowanie jest niezmiernie ważne dla środowiska. Osady stałe są natomiast przekazywane do dalszego przetworzenia, lub też odbywa się to na miejscu.
Zarówno w typowej oczyszczalni ścieków komunalnych, jak i w jej małych przydomowych odpowiednikach, wszystko zaczyna się od filtracji zanieczyszczeń stałych. Do tego celu wykorzystuje się kraty i filtry, a często cały ich szereg, gdzie każda kolejna posiada mniejszą przepuszczalność. Zbierają się na nich śmieci wrzucone do kanału, elementy plastikowe i metalowe, resztki papieru toaletowego i tym podobne zanieczyszczenia. Każda współczesna oczyszczalnia ekologiczna dokładnie odseparowuje całą powyższą frakcję, a następnie wysyła do recyklingu, bądź do spalarni śmieci.
Część płynna ścieków, a także osady czynne, trafiają następnie do tak zwanych bioreaktorów. Tam następuje właściwy proces oczyszczania, przy udziale m.in. specjalnych bakterii. Zbiorniki muszą być cały czas napowietrzane poprzez system dmuchaw, by reakcje chemiczne zachodziły w sposób poprawny. W warunkach domowej oczyszczalni mamy natomiast specjalny zbiornik, do którego należy regularnie dodawać odpowiednich bakterii, np. takich: https://www.sklep-instalgrunt.pl/biosanit/20-sanidenn-bakterie-do-oczyszczalni-szamba-900-gr.html. Tak oczyszczone ścieki odprowadza się do pobliskiej rzeki, a w przypadku rozwiązań domowych – najczęściej do wód gruntowych.
Pozostała część osadów zostaje poddana fermentacji, której efektem jest produkcja biogazu. Może on zostać wykorzystany między innymi do produkcji energii elektrycznej. Czasami wykorzystuje się go też do produkcji energii cieplnej, która zostaje oddana do miejskiej sieci ciepłowniczej. W domowych oczyszczalniach ten proces fermentacji jest pomijany, a wspomniane osady odbierane są poprzez wóz asenizacyjny i przewożone do dalszego przetworzenia.